Vor dem Marina Turm, der vollständig im Meer liegt, stand am Ufer einst eine steinerne quadratische Festung (Zitadelle). Die Zitadelle bildet den zentralen Teil der Marina-Siedlung und ist von Mauern mit rechteckigem Grundriss mit Ecktürmen umgeben. Die Zitadelle war durch eine hölzerne Zugbrücke mit dem Marina-Turm verbunden und bildete so eine einzigartige Verteidigungsstruktur. Innerhalb der Festung wurde neben Verteidigungs- und Wirtschaftsgebäuden aufgrund der wachsenden osmanischen Bedrohung die Kirche des hl. Johannes des Täufers errichtet. Die Nordfassade lag am Meer und an der Westwand befand sich ein Haupttor mit einem Maschikuli darüber. In unmittelbarer Nähe der Festung entstand nach dem Renaissance-Prinzip eine Siedlung. Familienhäuser werden zur Sicherheit der Bewohner ausschließlich innerhalb der Mauern gebaut und einige von diesen Häusern bilden die Verteidigungsmauer, die die gesamte Siedlung umgibt. Die Anordnung der Straßen ist durch die Lage auf dem Hügel bedingt und vor dem Tor der Zitadelle befindet sich ein kleiner Platz (Brce). Während des Krieges von Candia von 1657, in der Schlacht von Marina, erlitt die Zitadelle schwere Schäden und wurde bis heute nicht vollständig wieder aufgebaut.